Неа Скиони основана в 1918 году на месте,где находились рыбачьи хижины. Она построена рядом с древним городом Скиони. Старая деревня изначально находилась на горе и называлась Цапрани, была заброшена в 1930 году. Новая деревня была названа как и древний город, который был самым старым поселением на Халкидиках. По словам историка Фукидида, она была построена вскоре после Троянской войны войнами,которые остались здесь перезимовать. Так же он говорил о том, что пленные троянцы привезли с собой поселенцев, сожгли их корабли, заставили жениться,чтобы они остались здесь навсегда. После войны в Медии деревня стала членом Афинского морского союза. Во время Пелопоннесской войны присоединилась к спартанцам за что афиняне жестоко наказали жителей деревни, убив всех мужчин старше 18 лет, после чего выжившие из разрушенной деревни обосновались в Платеях. Древние Скиони процветали в Римские времена, но неизвестно, когда точно город был разрушен окончательно. Жители Скиони участвовали в революции 1821 года. Знаменитым бойцом был Николас Стергиу.
Деревня находится в 110 км Салоников на востоке. Главной достопримечательностью является церковь Пречистой Девы Марии, которая была построена в 16 веке и располагается в двух километрах от деревни. В церкви есть икона Пречистой Девы Марии, исполненная на вертикальном мраморном основании статуи. По популярному приданию икона приплыла сюда из Фессалии. Она была найдена жителями деревни, который и по сей день восхищаются ей. Эта маленькая, покрытая белой известью, церковь — независимая часть руин монастыря. Расположена она на красивом пляже с тем же названием по пути в Неа Скиони. Она построена прямо на берегу и содержит великолепные фрески 16 века.
Сегодня Неа Скиони располагается на берегу потрясающей бухты, где ловят рыбу и поставляют ее в рыбные таверны в деревне. Большинство жителей занимается туристическим бизнесом. На пляже, который получил Голубой Флаг, отдыхающие могут насладиться дельфиньими играми, они часто подплывают близко к берегу. В начале августа в Неа Скиони проводится фестиваль анчоусов, культурные мероприятия длятся три дня. Туристы могут получить массу удовольствия, принимая участие в пляжных играх, а так же насладиться местным вином и свежей рыбой под аккомпанемент традиционной музыки.
